Команда создана в 1991 году. Своё название получила от своего первого учредителя — гостиницы «Жемчужина». Представляла также администрацию города Сочи и одноимённый футбольно-спортивный клуб. В чемпионате СССР — во второй низшей лиге и в кубке РСФСР в 1991. В кубке СССР не играла. С 1992 в чемпионате России. В первом дивизионе — в сезонах 1992 и 2000. С 2001 по 2003 и с 2008 — во втором дивизионе. С 1993 по 1999 — в высшем дивизионе. Высшее достижение — 9-е место в 1994. Основных успехов команда достигла под руководством Арсена Юдильевича Найдёнова.

В 2003 году команда прекратила существование.

В марте 2007 года было принято решение о возрождении клуба.

Арсен Найдёнов. Расцвет сочинского футбола.

Начало футбольному клубу «Жемчужина» было положено 26 декабря 1990 года, когда приехавший из Новороссийска мэр Сочи Сергей Дерендяев, решил создать в городе команду с помощью хорошо знакомого ещё по Новороссийску Арсена Найдёнова.
После долгих поисков спонсоров, команду взяли под своё финансирование гостиница «Жемчужина» во главе с Юрием Аринцевым (который также 3 года размещал футболистов в гостинице) и администрация города Сочи. Дерендяев и Найдёнов сделали мечту сочинских любителей футбола реальностью: в городе появилась профессиональная (хотя такой её ещё в то время назвать было нельзя) команда. Клуб не располагал большими деньгами, сначала помогли 20 000 рублей, выделенные болельщиком, а чуть позже появился Вилен Райкис, американский еврей с российским прошлым, хозяин компании «Амерус Энтерпрайзис», выделивший команде 300 000 рублей.
Заявившись впервые на вторую лигу союзного первенства, сочинская команда за один сезон смогла подняться дивизионом выше, заняв 1 место с отрывом в 7 очков (по 2-очковой системе), забив больше всех и пропустив меньше всех. Именно в те годы в сочинской команде стал раскрываться талант, тогда ещё молодого, перспективного форварда Гочи Гогричиани, которому будет суждено стать главной надеждой сочинского футбола. Поднявшись рангом выше, команда не остановилась на достигнутом и смогла спустя год добраться до высшего дивизиона. Под руководством Найдёнова команда играла в жёсткий футбол без какой-либо импровизации, но, несмотря на это, держалась в высшем дивизионе и могла дать отпор любому фавориту.

1998-1999. Последние сезоны в высшем дивизионе.

После нескольких лет тренерства Найдёнову пришлось по состоянию здоровья покинуть команду, ему на смену пришел Анатолий Байдачный — тренер с хорошим пониманием игры и тренировочного процесса. За несколько лет до прихода в сочинскую команду Байдачный сумел привести минское «Динамо» к золотым медалям чемпионата Белоруссии и с молодёжной сборной Сирии выиграть кубок Азии. Приехав в Сочи, Байдачный сразу ввёл жёсткие правила в команде, стал больше работать над техническим и тактическим совершенствованием игры, привёз вместе с собой несколько перспективных новичков, способных усилить игру команды, стал больше обращать внимание на местных футболистов, больше средств стало выделяться на развитие футбольных школ. Под руководством Байдачного команда сразу же «выстрелила», в первом круге сезона-98 сочинцы долгое время держались в тройке, но потом стали напоминать о себе финансовые проблемы и, в конце концов, клуб закончил чемпионат на 13 месте, проиграв последнюю игру чемпионата элистинскому «Уралану» со счетом 2:6. В межсезонье из команды ушли несколько лидеров, а равноценной замены им найдено не было из-за финансовых проблем команды. Тренер, не находя в резерве людей, способных изменить игру команды, решил добиться этого путём увеличения физических нагрузок и ошибся, нагрузив команду до предела. Начав чемпионат, команда после первого круга не одержала ни одной победы и считалась заведомым аутсайдером. Байдачный же, понимая, что не может уже ничего изменить, ушёл из команды.
В июне 1999 года на смену Байдачному пригласили Виктора Антиховича, как о нём говорили, «специалиста по экстремальным ситуациям». Он всегда оказывался в тех клубах, которые либо боролись за выход, либо за то, чтобы остаться. Появившись в команде, он сумел сплотить коллектив, но добиться долгожданной победы так и не удавалось.
После первого круга в команду были приглашены Максим Деменко, который в 18 лет уже выступал в основном составе киевского «Динамо», а также Константин Коваленко, который в межсезонье вместе с Германом Кутарбой перешёл из «Жемчужины» в «Аланию». Впоследствии, именно он не даст «Алании» в Сочи выиграть у «Жемчужины», именно он вовремя подставит ногу после того как мяч срикошетит от ноги Пагаева. Ещё был приглашён Рустам Мустафин, известный по своим выступлениям за московское «Торпедо», позже в команду приедет Пётр Хрустовский из Камышина, а также оставшийся на полгода без футбола и принадлежащий «Торпедо» Дмитрий Градиленко. Усилившись, команда начинает громить всех подряд. Для ухода из опасной «зоны вылета из лиги» во втором круге после 6 побед на своем стадионе и ничьих в Москве с «Локомотивом» и в Элисте с «Ураланом» ей оставалось в Сочи победить «Ротор». Но сочинцы на своём собственном стадионе первыми пропустили гол — снова «отличился» харизматичный лидер сочинской команды Геннадий Тумилович. Вратарь команды, который не так давно показывал великолепные сэйвы в матчах с «Динамо» и «Аланией», не смог парировать удар головой Есипова. Но надо отдать должное сочинским игрокам, они не опустили руки: ещё до перерыва Арташес Калайджян, действовавший на позиции правого защитника вместо травмированного Бондарука, подал мяч в штрафную, где либеро Деменко, зависнув в воздухе, сумел головой переправить мяч в угол ворот Чичкина.
Манук Какосьян принял длинный пас от Коваленко и здорово прострелил на дальнюю штангу, где мяч уже ждала нога Хрустовского… Счет 2:1. Казалось бы победа и «Жемчуг» в высшем дивизионе, но сказывается травма Парцикяна и тренер отправляет на поле год не игравшего Кузнецова с наставлением: «Появится возможность — и сразу лезь!». Тренер был прав, он надеялся, что сочинский Кузя сможет повторить подвиг Манука, но сказалось, что тот давно не играл, и после того, как сочинцы не реализовали два выхода один на один, пришёл во второй раз час Есипова. Кузнецов, не успев вернуться в оборону, пустил его за спину, после чего нападающему «Ротора» не составило труда решить задачу — 2:2.

«Жемчужина» оказалась в первом дивизионе.

2000-2003. Кризис в команде.

После вылета из высшего дивизиона у команды не было средств, чтобы заявиться в первый дивизион, с трудом был найден спонсор (рассматривался даже вопрос об объединении с краснодарской «Кубанью»). Большинство игроков из прежнего состава уехали в другие клубы. Вернувшийся Арсен Найдёнов с трудом нашёл игроков: под знамена команды были приглашены 36-летние Назим Сулейманов, Тимур Богатырёв, Гоча Гогричиани. Команда закончила первый круг на восьмом месте. После, в команду пришли Евгений Сонин, Александр Ещенко, возвращён в Сочи Арташес Калайджян, полгода проведший в Новороссийске, и даже эта команда, усилившись, не смогла остаться в первой лиге; в конце чемпионата выстрелил Назим Сулейманов, видимо, вспомнив о том, как в 1995 громил «Спартак» в составе «Алании» и приносил ей чемпионство, в двух последних матчах он отличился пять раз, и у команды появились призрачные шансы, но их не стало после поражения от «Арсенала» из Тулы и ничьей с липецким «Металлургом». Так закончилась история «Жемчужины» тех лет.
После вылета из первого дивизиона был приглашён новый тренер — Иштван Йожефович Секеч, который поставил задачу воспитать игроков, а потом выходить классом выше. Клуб был разделён на три команды.
Первая под руководством Секеча выступала в зоне «ЮГ» второго дивизиона, а вторая — на первенство края в первой лиге, в ней были собраны ребята 83/84 годов рождения, тренером этой команды являлся Назим Сулейманов, недавно закончивший высшую школу тренеров. Третья команда выступала на первенство города под руководством Вячеслава Васильевича Васильева. Итог — 9-е место и невыразительная игра.
Следующий сезон команда провела под руководством нового главного тренера, бывшего игрока «Жемчужины», Назима Сулейманова, которому также не удалось привести клуб к поставленной цели.
Свой последний сезон «Жемчужина» вновь начинала с Арсеном Найдёновым, проработавшим до октября и передавшим исполнение обязанностей главного тренера легенде сочинского футбола Геннадию Бондаруку.
После третьего неудачного сезона во 2-м дивизионе и огромных долгов было принято решение о расформировании клуба.

Возрождение клуба и новые победы.

В 2007 году Арсен Найдёнов принял решение возродить сочинскую «Жемчужину». Команду назвали «Жемчужина-А», костяк составляли игроки шахтинского «Буревестника-ЮРГУЭС», который под руководством Найдёнова завоевал в 2006 году Кубок Южного Федерального Округа и стал вице-чемпионом на международном турнире в Ирландии. Президентом и главным тренером возрождаемой «Жемчужины» стал сам Арсен Юдильевич, а помогал ему Гоча Гогричиани. Клуб уверенно выступил в Любительской футбольной лиге (ЛФЛ) и по праву заслужил возвращение в профессиональный футбол.

2008 год для сочинского болельщика стал годом возрождения любимой для многих команды «Жемчужина», появление которой в профессиональном футболе вновь заставило «биться» сердца ее преданных болельщиков, в памяти которых ещё не забыты былые успехи и времена, когда сочинский футбол был у всех на устах в России. В межсезонье усилиями президента клуба А. Ю. Найдёнова был подобран неплохой состав. Уверенные результаты товарищеских матчей внушали надежду на успешное выступление в первенстве.
Начало сезона для сочинской команды выдалось тяжёлым. Так, под руководством главного тренера Юрия Нестеренко ФК «Жемчужина-Сочи» в 10 мачтах 1 круга набрал всего 10 очков (2 победы, 4 ничьих, 4 поражения) и находился на 12 месте в нескольких шагах от зоны «вылета», что являлось не удовлетворительным результатом, учитывая громкие заявления «отца» вновь возрождённого клуба А. Ю. Найдёнова о высоких задачах на сезон.
Далее, Юрия Нестеренко на посту главного тренера футбольного клуба «Жемчужина-Сочи» сменил Геннадий Бондарук (официально главными тренерами были Виктор Гузь и Гиви Керашвили, так как Бондарук не имел должной категории, но де-факто командой руководил он), в прошлом игрок и капитан команды, сыгравший в её составе 182 матча в Высшей Лиге. Кроме того, произошли изменения и в руководстве: президентом клуба стал Дмитрий Якушев (известный бизнесмен), генеральным директором назначен Антон Милов. С такими переменами «Жемчужина» закончила первый круг на позитивной ноте, заняв 8 строчку в турнирной таблице (ещё 4 победы, 2 ничьих, 1 поражение).
После проведённого периода дозаявок клуб усилился несколькими опытными игроками: Степан Акелькин (Динамо Брянск), Сергей Акимов (Ротор), Эдуард Гикаев (Машук-КМВ), Александр Клюев (Дмитров), Лев Королёв (Сочи-04), Дмитрий Пинчук (Олимпия), Евгений Шворень (Олимпия).
Перечисленные игроки безусловно внесли свежесть и уверенность в игру команды, однако, в полной мере не оправдали надежду болельщиков на отличное выступление любимой команды. Второй круг чемпионата запомнился крупными победами ФК «Жемчужина-Сочи» над «Дагдизелем» со счетом 5:0 и «Никой» из красного Сулина со счетом 6:0, множеством «незапланированных» ничьих с середнячками и аутсайдерами и выездной победой над одним из лидеров — ФК «Краснодар» — со счетом 2:1. Концовка первенства дала повод для радости любителям сочинского футбола: «Жемчужина» одержала три уверенные победы над клубами «Астрахань», «Ротор» и «КТГ-2005» с общим счетом 6-0, в честь которых давались красивые салюты над Центральным стадионом г. Сочи.

Главным тренером «Жемчужины-Сочи» в сезоне 2009 был утверждён Олег Василенко, три года проработавший в молодёжном составе «Сатурна». Новым вице-президентом клуба был назначен Борис Раппопорт. Контракты с клубом подписали высококлассные футболисты, имеющие опыт вытсупления в Премьер-Лиге России: Роберт Зебелян, Станислав Дубровин, Дмитрий Пятибратов, Константин Гордиюк, Александр Чихрадзе и Георгий Микадзе. Закономерный итог: клуб выполнил поставленную руководством цель — выйти в первый дивизион, обеспечив себе победу ещё за 4 тура до конца первенства.

Командные достижения

Всего матчей: 551 (из них 42 в чемпионате СССР, 3 в кубке РСФСР, 24 в кубке России, 4 в кубке ПФЛ)

Всего побед: 220 (из них 27 в чемпионате СССР, 2 в кубке РСФСР, 9 в кубке России, 1 в кубке ПФЛ)

Всего ничьих: 114 (из них 10 в чемпионате СССР, 3 в кубке России, 1 в кубке ПФЛ)

Всего поражений: 217 (из них 5 в чемпионате СССР, 1 в кубке РСФСР, 12 в кубке России, 2 в кубке ПФЛ)

Всего забитых мячей: 827

Всего пропущенных мячей: 799

Личные достижения